Jefe de la revolucion

Al enterarse de lo acontecido en la Decena Trágica, como la muerte del general Bernardo Reyes, la muerte de Madero y el ascenso de Victoriano Huerta a la presidencia, organizó el movimiento constitucionalista, cuyos alcances quizás aún no concebía. Para ganar tiempo e información envió a Eliseo Arredondo a observar y negociar con el supuesto gobierno nacional un arreglo. Poco después lanzó el Plan de Guadalupe, el 26 de marzo de 1913, donde desconocía a Victoriano Huerta, y a los poderes legislativo y judicial de la Federación, así como los gobiernos de los estados que reconocían a Victoriano Huerta. Además, convocaba al pueblo a luchar contra ellos, y que él que había sido nombrado por los adherentes al plan como Primer Jefe del Ejército Constitucionalista, al ocupar la capital de la república sería presidente interino, convocaría a elecciones al consolidarse la paz.
Debido a varios reveses militares  tuvo que refugiarse en  Hermosillo, Sonora, que había sido constituido en el refugio de los Jefes de la Revolución. Es ahí, donde logra formalizar su primer gobierno nacional .